List of conductors with whom Joanna Marcinkowska has cooperated:

- Wiesław Bednarek
- Piotr Berniak
- Jacek Boniecki
- Andrzej Bujakiewicz
- Agnieszka Duczmal
- Helmuth Froschauer
- Ian Hobson
- Bohdan Jarmołowicz
- Vladimir Kiradjiev
- Agnieszka Kreiner
- Jacek Kraszewski
- Aleksandar Marković
- Andrzej Mysiński
- Marcin Nałęcz-Niesiołowski
- Grzegorz Nowak
- Marek Pijarowski
- Janusz Przybylski
- Jerzy Salwarowski
- Gert Sell
- Ruben Silva
- Marcin Sompoliński
- Tadeusz Strugała
- Ewa Strusińska
- Dariusz Tabisz
- Piotr Wijatkowski
- Stanisław Winiarczyk
- Maciej Tworek
- Jan Miłosz Zarzycki
- Maciej Żółtowski